在CMOST → Objective Functions → Basic Simulation Results 定义目标函数时，是否必须在Fundamental Data → original time series部分进行定义？两者之间有什么关系？

不一定。
在Objective Functions → Basic Simulation Results 定义的是想要考察的指标，例如累产油、净现值或拟合误差等，而在Fundamental Data → original time series 部分定义的是想要在CMOST中保留的结果曲线，两者没有任何关系。